L'Université de Matrouh a été créée en réponse à la renaissance éducative que connaît la République arabe d'Égypte. La direction politique, dirigée par le Président Abdel Fattah El-Sisi, a tenu à diffuser le savoir à travers le pays. L'Université de Matrouh est la 26e université d'Égypte. La décision n° 1715 de 2018 a été émise pour ajouter l'Université de Matrouh aux universités stipulées, suite à l'émission de la décision n° 436 de 2013 du Premier ministre, ajoutant la branche de Marsa Matrouh à l'Université d'Alexandrie.
L'Université de Matrouh aspire à être l'une des universités leaders dans le domaine de l'enseignement supérieur et de la recherche scientifique aux niveaux local, arabe, africain et international, distinguée par la qualité de l'éducation basée sur la créativité et l'innovation dans tous les domaines des sciences appliquées et humaines.
La mission de l'Université de Matrouh est définie par le développement continu des stratégies et des résultats de l'éducation et de l'apprentissage, en investissant dans l'unicité de la région de Matrouh pour offrir des opportunités éducatives, de recherche et de formation centrées sur l'étudiant selon des normes de qualité globale, pour former des cadres humains distingués avec des compétences multiples, capables de répondre aux exigences du marché du travail, de soutenir la recherche scientifique ciblée, de réaliser un développement durable au service de la communauté et de protéger l'environnement désertique et marin.
L'université s'engage à appliquer des normes de qualité globale dans l'éducation, l'apprentissage, l'innovation et la mesure des performances, selon des références nationales et internationales, et au développement continu de tous les résultats éducatifs, de recherche, professionnels et techniques de l'université pour atteindre l'excellence et le leadership.
Cela représente l'identité de l'université, où la fierté du patrimoine culturel et civilisationnel est maintenue, l'adhésion aux chartes éthiques et aux traditions universitaires.
L'université s'engage fermement à fournir un climat et une culture institutionnels qui encouragent le travail d'équipe, renforcent les rôles de leadership individuels et institutionnels qui stimulent le développement social, avec une profonde croyance en la professionnalisme, la responsabilité, la créativité et le travail en équipe.
L'université s'engage à adopter et à encourager les idées créatives et les solutions innovantes dans les domaines de l'éducation, de l'apprentissage et de la recherche scientifique.
L'université soutient la liberté académique dans le cadre de la responsabilité sociale et du respect des opinions des autres, en encourageant la diversité intellectuelle disciplinée et sincère dans tous les aspects des activités scientifiques et académiques de l'université.
L'université s'engage aux principes de justice sociale, d'égalité des chances et de diversité culturelle, ainsi qu'à la neutralité, l'honnêteté, l'objectivité, la transparence dans les pratiques universitaires et au respect des droits de propriété intellectuelle selon les lois locales et internationales.
L'université s'engage à présenter ses idées et ses pensées à la société civile et aux leaders de l'industrie pour mesurer ses contributions à l'enrichissement des connaissances.